室內搬動奧林巴斯顯微鏡時，應一手緊握鏡臂，另一手托住鏡座，使鏡體保持直立狀態。動作要穩重，慎防目鏡,濾色片,反光鏡等掉落，如果顯微鏡在搬動前處于工作狀態，則必須將有外接照明的電源卸去，取下玻片、濾光片，將物鏡旋轉在不直對聚光鏡的位置，并下降至靠近載物臺的近處，使顯微鏡的重心移下，以免鏡頭受振動下滑時和聚光鏡碰損。搬動時，走路要平穩、堅定、防止滑倒或與他人相撞。
攜帶顯微鏡外出工作，運輸前應按產品出廠裝箱的要求，將顯微鏡各部件對號地放入它們原來的泡沫塑料盒的位置上，周圍填塞好，放些干燥劑(如硅膠)，將盒原樣包扎好再搬運。如果奧林巴斯顯微鏡是裝在鏡箱內的，需將鏡體、鏡頭、照明光源分別放入原位后固定好，箱內放些干燥劑，鎖上箱門，搬動時箱內不能有活動聲音，注意勿讓木箱倒置。運輸時可將鏡箱裝入大箱內包塞好，在箱外做好“精密儀器”的標志。
在使用奧林巴斯顯微鏡前，都應詳細地閱讀使用說明書，并對照實物弄清每個部件的作用和結構，盡快掌握使用方法。顯微鏡要細心愛護，由專人保管，或專管共用。應牢記“任何螺旋轉不動時決不硬擰”，須查明原因再處理，否則，硬擰會損壞轉動部件，影響正常使用。
放置顯微鏡的房間應清潔，通風，無震動。平時顯微鏡要加蓋防塵罩。使用完畢后目鏡、物鏡應取下放在專用的鏡座上，放入干燥器內。目鏡筒上蓋好防塵蓋，防止灰塵落入鏡簡內。使用顯徽鏡時要輕拿輕放，防止碰律和劇烈振動。好將顯微鏡平穩地放在正靠北窗明亮處的工作臺上，以利于白天利用自然光照明。顯微鏡離工作臺邊緣的距離約10厘米。
在冬天溫度低的環境中使用時，可在鏡臂上綁一塊軟布，以免觀察者呼出的水蒸氣凝結在鏡頭上，引起鏡頭發霉，這塊軟布一也要經常更洗干凈。切不可用手指和硬物接觸光學部件表面，發現鏡頭上有指印、油污、灰塵、水汽等要及時用擦鏡紙擦干凈。